日俄战争后的北海道，退伍军人杉元与阿依努少女阿希莉帕，共同寻找失落的黄金。
高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
天才们的恋爱头脑战，双方都希望对方先告白，上演令人捧腹的校园日常。